一只年轻的帕丁顿熊从橘子树上摘了一个橘子，却不小心掉进了河里。幸运的是，他的露西姨妈救了他，并告诉他如果再迷路就大声吼叫。 今天，在伦敦，帕丁顿使用帕丁顿车站的照相亭为他的护照拍照。过了一会儿，帕丁顿收到了邮寄来的护照和雨伞，确认他是英国公民。随着朱迪和乔纳森的年龄越来越大，而且朱迪即将离开家去上大学，布朗夫人的心情非常低落。尊敬的母亲给帕丁顿写了一封信，告诉他露西姨妈很想念他，而且表现得很奇怪。然后她建议他去秘鲁拜访露西姨妈，他同意了，于是他和布朗一家前往秘鲁。布朗夫人认为这将是一个与家人最后一次建立联系的绝佳机会。 当布朗一家到达秘鲁时，他们从尊敬的母亲那里得知露西姨妈在秘鲁的丛林中失踪了。只留下了她的眼镜和手镯。帕丁顿发现了一张地图，并决定他们应该从鲁米岩开始搜索。圣母鼓励他们开始在丛林中寻找。尊敬的母亲送给布朗夫人一个吊坠以示纪念。 然后，布朗一家租了一艘猎人亨特和吉娜·卡伯特拥有的船过河。卡伯特一家正在寻找埃尔多拉多。亨特发现了帕丁顿熊的手镯，并相信它可以帮助他找到黄金国。在前往鲁米岩的路上，亨特透露自己来自一个被诅咒的家庭，并受到祖先灵魂的鼓励，不惜一切代价寻找黄金。吉娜要求亨特返回，两人发生争执，然后亨特将吉娜扔下船。不久之后，亨特也跟了上来。 由于无人掌舵，船失事沉没，布朗一家被困在丛林中央。不幸的是，帕丁顿失去了雨伞，与其他家庭成员失散，但他偶然发现了鲁米岩石。然而，亨特已经在那儿等着他了。亨特解释说，鲁米岩石和他的手镯对于找到黄金国很重要，而帕丁顿不小心坐在带刺的水果上并咆哮，然后回忆起露西阿姨在他年轻时告诉他的话。帕丁顿听到回声，相信是露西姨妈在叫他回来。他和亨特循着咆哮声寻找露西姨妈。亨特仍然相信他可能会带他去埃尔多拉多。在丛林的另一个地方，布朗一家找到了吉娜，她告诉了他们有关她家族诅咒的真相。然后他们出发寻找帕丁顿。 回到退休熊之家，伯德夫人相信这位可敬的母亲在图谋不轨，并发现了一个秘密房间，并发现布朗夫人收到的吊坠实际上是一个追踪器。伯德夫人发现了他们的位置，并与可敬的母亲一起驾驶飞机前往他们的所在地。 帕丁顿和亨特到达目的地，人们发现这些咆哮只是帕丁顿自己咆哮的回声。亨特变得越来越愤怒并攻击帕丁顿熊，结果布朗一家赶到并救了他。尊敬的母亲承认她是他的表弟克拉丽莎·卡伯特，她也痴迷于寻找黄金，并用枪指着他们，但帕丁顿和吉娜说服亨特帮助他们并放弃诅咒。亨特利用飞机撞上了克拉丽莎，将她打晕，救了他们。丛林之灵使用帕丁顿熊的手镯，带领他们前往黄金国。当他们到达时，人们发现宝藏实际上是一串橘子树。他们在那里找到了露西阿姨，她告诉他们埃尔多拉多实际上是一个橘园，那是帕丁顿熊的出生地。她还透露，当她找到帕丁顿时，这只手镯就是他的。埃尔多拉多的熊迷路时会用它来找到回家的路。帕丁顿熊与其他熊一起使用埃尔多拉多的橙子制作果酱。最终，帕丁顿选择伦敦作为他的家，因为布朗一家是他的家人。 回到伦敦后，这位可敬的母亲受到惩罚，在南极洲成为一名修女，并被迫在退休熊之家工作。来自埃尔多拉多的熊和吉娜一起参观了伦敦的帕丁顿，这让布朗一家很高兴。 随着片尾字幕的播放，帕丁顿去监狱探望菲尼克斯·布坎南，他声称自己很快就会因表现良好而出狱，然后宣布他想与埃尔多拉多的其他熊一起玩“金发姑娘和三只熊”。